Skip to main content

Segmentácia v QuPath

Na vykonanie segmentácie vyšších morfologických štruktúr importujte snímky WSI(Whole Slide Imaging) do projektu QuPath, ktorý ste si stiahli počas inštalácie.

  1. Vytvorte anotácie pre tkanivo a bunky spolu s ich klasifikáciami. Pre tento krok môžete použiť stiahnutý skript.

    Na použitie stiahnutého skriptu Tissue detection and cell detection.groovy ho otvorte v paneli Automate > Show script editor. Po otvorení Script editor vyberte File > Open... a vyberte adresár, kde sa nachádzajú stiahnuté skripty. Vyberte skript Tissue detection and cell detection.groovy. Po načítaní skriptu vyberte možnosť Run , aby ste vykonali segmentáciu tkaniva a buniek a klasifikáciu buniek.

    1.1 Otvorte Script editor.

    Open Script editor

    1.2 vyberte adresár so scriptom.

    Select the directory

    1.3 načítajte vybraný script.

    Load the script

    1.4 Spustenie scriptu nad snímkom.

    Run the script

  2. Vyberte oblasť snímku, pre ktorú chcete vykonať predikciu.

    Select the area

  3. Vyberte MONAI Label > Create annotations... a potom vyberte model, ktorý chcete použiť pre predikciu v sekcii Model Name.

    Momentálne dostupné modely sú:

    • deeplab_structure - DeepLabV3+ na predikciu ciev, zápalu a endokardu v obrázkoch H&E
    • nestedunet_structure - U-Net++ na predikciu ciev, zápalu a endokardu v obrázkoch H&E
    • srel_segmentation - U-Net na predikciu endokardia v obrázkoch SRel

    Po vybratí modelu stlačte OK.

    Model selection

  4. Po dokončení predikcie sú výsledky k dispozícii v QuPath, kde môžete upravovať, mazať alebo manuálne pridávať chýbajúce anotácie.

    Prediction

Pre výber anotácií, ktoré chceme vymazať je potrebné spustiť Selection mode výberom možnosti S v paneli. Po povolení Selection mode je možné využiť rôzne spôsoby výberu, či už s využitím obdĺžnika alebo pomocou štetca (brush). Pre zrušenie Selection mode kliknite opätovne možnosť S.

Background